Si no pots veure bé aquesta newsletter fes clic aquí

Núm 4. Novembre 2022

Una de les causes de malalties genètiques humanes són les alteracions cromosòmiques, ja siguin en
forma de guanys o pèrdues de cromosomes sencers o bé alteracions que n’afecten l’estructura. 

Fins ara, el servei d’anatomia patològica que integra el laboratori de citogenètica molecular disposa de tres tècniques citogenètiques estàndard per detectar aquest tipus d’alteracions: citogenètica amb bandes G (CBA, de l’anglès chromosome banding analysis), hibridació in situ fluorescent (FISH, de l’anglès fluorescence in situ hybridization) i microarrays genòmics (GM, de l’anglès genomic microarrays). 

Dra. Blanca Espinet. Cap de Secció del Lab.
de Citogenètica Molecular.
Servei de Patologia, Hospital del Mar

María Rodríguez, Tècnica Superior en laboratori clínic i biomèdic, ens explica com és el procés de càrrega de l'ADN.

El mapatge òptic del genoma (OGM, de l’anglès optical genome mapping) ha sorgit com una nova tècnica pionera que supera en una sola determinació les limitacions de les tècniques conegudes fins ara. Es tracta d’una tècnica que permet als genetistes analitzar fragments molt grans d’ADN i detectar-hi un nombre d’alteracions genòmiques molt superior a les que es poden veure amb la resta de tècniques citogenètiques existents.

La tecnologia OGM es basa en l’obtenció de molècules d'ADN molt llargues (>250 kb) que es marquen amb fluorescència seguint uns patrons específics. El patró únic d'etiquetes que presenta cada regió del genoma humà confereix la capacitat d'identificar sense ambigüitats la ubicació genòmica de cada molècula captada. Una vegada les molècules d’ADN han estat marcades, es fan migrar per uns nanocanals que fan que l’ADN quedi en forma lineal, i durant aquest procés s’obtenen imatges digitals que permeten crear un mapa genòmic de cada mostra.

Amb les dades obtingudes, la tècnica d’OGM permet detectar tant alteracions numèriques com estructurals amb una resolució de fins a 5 kb i amb una sensibilitat de fins a l’1%. 

Com s'interpreten les imatges obtingudes?
La Dra. Anna Puiggros, Biotecnòloga adjunta del Lab. de Citogenètica Molecular, ens ho explica.

En diverses publicacions recents s’ha demostrat que l'OGM té diversos avantatges respecte a l’ús de les tècniques gold-standard citogenètiques. Entre aquests avantatges cal destacar la detecció d’alteracions submicroscòpiques que fins ara han passat desapercebudes i la capacitat de desxifrar cariotips complexos, fet que permetria identificar l’afectació en el genoma de les alteracions citogenètiques que poden causar els tumors i afectarien els denominats gens driver, així com possibles dianes terapèutiques.

En aquests moments, la taxa diagnòstica en pacients amb trastorns del desenvolupament o anomalies congènites múltiples és <5% per a la tècnica CBA i del 15-20% per a la de GM. 

Les limitacions de les tècniques actuals inclouen la necessitat d’obtenir metafases (cultius cel·lulars) i la baixa resolució (~ 10 Mb) de la CBA,  així com la incapacitat de detectar alteracions estructurals equilibrades o mosaïcisme per sota del ~ 20% de la tècnica de GM. Per altra banda, la tècnica de FISH té una resolució i sensibilitat més altes, però és una tècnica dirigida que no permet una anàlisi de tot el genoma. 

Dra. Blanca Espinet. Cap de Secció del Lab.
de Citogenètica Molecular.
Servei de Patologia, Hospital del Mar

Pel que fa a les neoplàsies hematològiques i als tumors sòlids, la majoria dels pacients requereixen l'avaluació de molts biomarcadors citogenètics diagnòstics, pronòstics i/o predictius ben establerts. La seva caracterització sovint requereix un enfocament seqüencial que combina les tres tècniques CBA, múltiples FISH i/o GM, la qual cosa augmenta els costos i els temps de lliurament. En alguns casos, les tècniques actuals no són suficients per obtenir una informació citogenètica acurada i útil per a la pràctica clínica.

La introducció de tècniques de seqüenciació de nova generació (NGS, de l’anglès next generation sequencing ha permès identificar variants d'un sol nucleòtid, petites delecions o insercions i altres variacions estructurals. Tanmateix, com que aquestes tècniques seqüencien petits fragments d'ADN (fins a 300 pb), són incapaces de caracteritzar variacions estructurals grans o complexes, i alteracions de nombre de còpies dels cromosomes d'una forma robusta i estandaritzada en els laboratoris clínics.

En conclusió, la tècnica d’OGM representa una metodologia complementària que potencialment podria substituir algunes de les proves que s'avaluen actualment als laboratoris de citogenètica en un futur pròxim.

Un espai dedicat al nostre valuós equip de persones que pretén donar a conèixer en profunditat qui hi ha darrere del professional. Un racó on teixir les històries, experiències i pensaments que parlen de qui som des de la proximitat.

Clica, suma't i fem xarxa!

Donar-me de baixa